ETA asesinó a Francisco días antes del primer cumpleaños de su hijo

Francisco Javier Mijangos y su compañera Ana Isabel Arostegi regulaban el tráfico en un cruce de carreteras a la altura de Beasain, Guipuzcoa, cuando varios miembros de ETA se les acercaron por las espalda y les dispararon en varias ocasiones. A Ana la remataron en el suelo. Francisco Javier llegó mal herido al hospital donde falleció a las pocas horas. Ocurrió el 23 de noviembre de 2001.
Fue su hermano mayor Carlos, también ertzaina, quien le animó a ingresar en ese cuerpo policial.